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Paaskinnen 01/11/20 11:08

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Buenas tardes.Al hilo del artículo que citas aquí querría hacerte una consulta a propósito de un trabajo similar que muestra que Sars-CoV-2 tiende a perder secuencias en la región previa al clivage S1-S2 en la proteína spike cuando el virus es mantenido en pases seriados por células Vero E6. En dicho trabajo -cuyo enlace te dejo al final- se ve que de la secuencia previa al clivage, o sea, QTQTNSPRRAR, la sección QTQTN desaparece en algo más del 2% al tercer pase, y la SPRRAR -básica en la patogenia de este virus- en algo más del 22% en el mismo momento. Considerando que QTQTN sólo existe en el actual coronavirus, en Bat RaTG13 y en el del pangolin de 2109, y la secuencia polibásica -PRRAR- es exclusiva de Sars-CoV-2, mi pregunta es: ¿Qué hace que esta región sea tan inestable cuando se cultiva el virus en células Vero E6?¿Acaso el sistema de corrección de errores del virus no puede reparar esta deleción?¿Tiene que ver con que las células Vero sean defectivas en interferón?. Y si es así, ¿Qué significado práctico se te ocurre que puede tener de cara al comportamiento del virus en esta seguna ola?Entiendo que es mucho pedir, pero resulta que pocas veces se puede tener acceso a alguien experto en biología molecular.Muchas gracias.Ref: Ogando NS et al. "SARS-coronavirus-2 replication in Vero E6 cells: replication kinetics, rapid adaptation and cytopathology". J Gen Virol, 2020. DOI 10.1099/jgv.0.001453. .

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Paaskinnen 31/10/20 08:28

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Hay bastante información sobre la influencia genética en la severidad de la Covid-19 si bien es muy compleja de entender -al menos para mí- y no creo que pase de un estadío preliminar. Quizá lo más asentado sea lo de los grupos sanguíneos. En el caso concreto del sudeste asiático hay un trabajo de Hugo Zeberg y Svante Pääbo que relaciona el riesgo de contraer la infección con un determinado haplotipo de origen neandertal que es más prevalente en el sur de Asia -30%- que en Europa -8%- y que está casi ausente en el sudeste asiático, China, Corea y Japón. Por si quieres profundizar en el tema te dejo la cita debajo.Zeberg, H. et al. The major genetic risk factor for severe COVID19 is inherited from Neanderthals. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-020-2818-3 (2020).

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Paaskinnen 31/10/20 07:38

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Ya que citas el caso de Vietnam por sus buenas cifras pese a que sus habitantes duplican a los de España y sus recursos sanitarios parecen mucho menores, me gustaría que reparases en la situación global del sudeste asiático y en particular en los paises de Laos -24 casos, cero muertos-, Camboya -291 casos, cero muertos- y Tailandia -3780 casos, 5 muertos-. En tasas por cien mil habitantes las cifras son aún más expresivas: Laos 0.3, Vietnam 1.2, Camboya 1.8 y Tailandia 5.4. Dudo que la explicación que das para Vietnam sea también aplicable a sus vecinos. Hay algo más que se nos escapa, aunque personalmente dispongo de una teoría epidemiológica plausible aunque demasiado novedosa. Estaría encantado en conocer tu opinión. Saludos.

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Paaskinnen 28/10/20 16:08

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Mientras leía este interesante y un tanto trangresor artículo, recibo noticias de que se suceden en avalancha toda una serie de cierres perimetrales autonómicos y/o munipales a lo largo y ancho de toda España, y de que Francia va a repetir el confinamiento domiciliario de primavera, quizá algo más atenuado esta vez, y de que en Alemania también se anuncian restricciones de algunas actividades. Y todo esto no parece ser sino el comienzo de un tsunami de amedrentamiento que va a recorrer Europa con la excusa del dichoso virus. Por de pronto auguro una medida severa en España para después del puente de Todos los Santos, salvo que en los proximos días pase algo raro. Estoy totalmente de acuerdo con con la recomendación básica final que creo extraer tras la lectura de este post, y que se resumiría en que debemos saber gestionar muy bien nuestro miedo para no dejarnos llevar por los que lo manejan con no sabemos qué oscuras intenciones. Aquí no puedo dejar de citar un famoso libro de Naomi Klein titulado "La doctrina del shock", que si bien fue escrito en un contexto diferente del que nos ocupa, encierra un mensaje que no deja de resultar evocador en los tiempos que corren. Y por ahora lo dejo aquí. Saludos a todos.

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Paaskinnen 21/10/20 15:31

Ha comentado en el artículo El verano del coronavirus

Al hilo de mi anterior comentario del pasado día 8, y aprovechando que España ha alcanzado el millón de casos oficiales de Covid, he de confesar que sigo perplejo. La tasa de mortalidad sigue bajando -hoy es del 3.41%- al igual que en los paises de Europa occidental. Sin embargo, la sensación transmitida en los medios es poco menos que dantesca. Algo raro está pasando y no acierto a entenderlo. A ratos pienso que se trata de mantener la tensión argumental mientras llega la tan ansiada vacuna. Las multimillonarias inversiones de las empresas implicadas en el tema no pueden caer en saco roto bajo ningun concepto. Pero, por otro lado, pienso que los gobiernos de los distintos paises, unos más que otros, no quieren volver a plillarse los dedos como en la primera ola y se han vuelto extremadamente garantistas en el plano de la salud pública. No lo sé. Sigo despistado. Nadie confía en la inmunidad de grupo, pero se tiene una fe ciega en una inmunización vacunal sin garantías. Por ningún lado veo que se estén secuenciando en profundidad la/s cepa/s actualmente en circulación. ¿No puede ser que el virus sea últimamente más infeccioso por la presencia de la mutación D614G, cada vez más extendida, pero menos mortífero por la coexistencia de cuasi-especies con deleciones que afecten a la evasión inmune o a la invasividad celular?. Lanzo desde aquí este "mensaje dentro de una botella" para ver si alguien del blog me aporta alguna idea. Saludos a todos.

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Paaskinnen 07/10/20 17:00

Ha comentado en el artículo El verano del coronavirus

En mayo, la tasa de mortalidad en España -número de fallecidos sobre número de casos diagnosticados- era del 12.2 %. Durante la llamada segunda ola se han efectuado muchísmos diagnósticos en personas asintomáticas o con escasos síntomas, muchas veces contactos de otros casos con sintomas menores también. El resultado es que hemos pasado de unos 230.000 casos acumulados en mayo a más de 800.000 actualmente. La tasa de mortalidad no ha dejado de bajar desde el verano, y hoy es del 3.9%. Esto se observa en toda Europa occidental, sin excepciones. Por ejemplo, en Alemania que en mayo tenían un 4.6% ahora tienen un 3.1%. Y Alemania era la que mejor gestionó la primera ola. En conclusión, todas las cifras que indican la gravedad de la pandemia van a la baja. Puede ser que se diagnostiquen más casos asintomáticos o leves, puede ser que los casos más graves se manejen ahora mejor que al principio, o puede ser que el virus se esté atenuando. En toda pandemia vírica la tendencia es que el patógeno tiende a mutar en el sentido de que progresivamente se va adaptando mejor a su huesped, lo que conduce a cifras de letalidad menores. Sería interesante comprobar este aspecto a través de la secuenciación de los genomas actualmente circulantes, pero esto se me antoja muy difícil de llevar a la práctica.

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Paaskinnen 15/09/20 17:02

Ha comentado en el artículo El verano del coronavirus

"Correlación nunca implica causalidad" Estoy completamente de acuerdo contigo en que cada vez se suman más evidencias en el sentido de que la vitamina D juega un papel capital en el pronóstico de la infección por el coronavirus pandémico -y posiblemente en muchísimas más infecciones y otros procesos que requieran un ajuste inmunitario fino- pero creo que la frase que encabeza este comentario, archirepetida en multiples contextos, no es aplicable al artículo que comentas. En este no se da un caso de correlación estadística, sino que su análisis viene dado por una distribución de Pearson en la que se estudia, por así decirlo, si hay alguna diferencia entre lo observado y lo teórico. Si la hay, y además por encima de cierto valor, entonces aceptamos que dicha diferencia no se debe al azar. En nuestro caso asumimos que la mejor evolución de los pacientes que toman vitamina D no se debe a la casualidad sino a algún efecto benéfico que aporta dicha vitamina. No soy experto en estadística y no quiero quitarle nada al interés de tu comentario, que considero muy pertinente y con el que reitero mi total acuerdo. Tan sólo quería introducir un leve matiz. Un saludo.

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Paaskinnen 13/09/20 16:43

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"La lógica es un método filosófico que no rige en la ciencia". Sin embargo la ciencia recurre a la estadística para dar validez a los resultados cuantitativos de los experimentos y las observaciones, y la estadística es una aplicación formalizada de la lógica. La estadística nos dice si cierto dato numérico puede ser explicado simplemente por azar o no. Si entras en un casino y aciertas sin parar a la ruleta, no pasará mucho tiempo sin que alguien del establecimiento se interese por tí. Simplemente porque no es lógico que ocurra eso. En el estudio sobre vitamina D que comentaste hace poco, la aplicación de un simple test de Chi cuadrado te dice que el hecho de que los pacientes con Covid19 que han tomado dicha vitamina tengan una probablidad menor de acabar en la UCI no se debe al azar.Sobre RaTG13 La bibliogafía no dice que este virus de murciélago sea idéntico al pandémico. Ya te comenté ayer la divergencia en el RBD de la proteína S debido a la posible inserción de una secuencia de pangolin. Pero en el ORF 1ab que comentabas hoy, la identidad es del 98.5%, que no está nada mal, alcanzando un 99.6% en la región RdRp. No sabemos qué visitudes ha recorrido el virus desde que fuera descubierto en 2013. Si se ha mantenido mediante pases sucesivos en cultivos celulares o en animales de laboratorio en los intervalos en que no estuvo congelado las secuencias pueden haber ido cambiando rápidamente. Pero la verdad es que desconozco cómo se conservan estos virus tantos años.Sobre la evidencia de construcción artificial Ya dije que la eventual manipulación artificial del virus no tiene porqué dejar marcas patognomónicas. En ese sentido te recomiendo leer: "Is considering a genetic-manipulation origin for SARS-CoV-2 a conspiracy theory that must be censored?" de Rossana Segreto y Yuri Deigin, fácilmente localizable en ResearchGate. Pero no creo que lo hagas. Sobre la secuencia polibásica "PRRA"No es tan fácil de explicar. Recurrir al paradigma darwinista clásico, que lo explica todo y su contrario si hace falta, debería resultarte insatisfactorio. Es demasiado simple. Entre innumerables beta-coronavirus que no la tienen, nos tenía que tocar precisamente uno con ella. Por puro y caprichoso azar. Y una cosa. Que le confiera virulencia no le da una ventaja selectiva. Al contrario. Matar al huesped va en contra sus propias posibilidades de persistir. Es mejor para el virus, dicho de un modo figurado, comportarse más benevolamente. En la pandemia gripal H1N1 de 1918, un virus muy letal arrasó el mundo durante un par de años causando millones de víctimas, pero el virus desapareció con ellas. Sin embargo, mutantes atenuadas han persistido hasta 1957. Precisamente yo confío en que el coronavirus actual sufra un fenómeno similar, quizá por la gradual deleción de esta secuencia tras un periplo de varios meses pasando incesantemente de unos humanos a otros. Ya veremos.Sobre el escepticismo en cienciaMe parece una postura muy sana que comparto. Pero afirmar que "lo que no tiene soporte en la literatura científica o en los datos oficiales no tiene aceptación" me parece complacencia poco acorde con los principios que predicas. Deberías llevar tu escepticismo hasta el final: no creerte nada.Un cordial saludo.

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Paaskinnen 12/09/20 10:39

Ha comentado en el artículo El verano del coronavirus

Hasta donde yo se, el coronavirus más parecido al de la actual pandemia es el Bat-Cov-RaTG13, con una identidad del 96 % en el genoma completo y un 98 % en las secuencias de aminoácidos. Excepto en la proteína S, donde las cifras caen un poco hasta el 93 y 97 % respectivamente. Y centrándonos en el RBD, las cifras son aún algo peores, del orden de 86 y 89 %. Pero ocurre que en el coronavirus de pangolines decomisados en 2019, menos parecidos al coronavirus actual en su conjunto, la secuencia de aminoácidos del RBD se parece a la del Sars CoV 2 en casi un 97% y además los sitios de unión críticos al receptor ACE2 son exactos. De tal manera que podemos decir que no sólo hay coronavirus quimera, sino proteínas quimera. En el caso del actual coronavirus pandémico, su proteína S es la del Bat.CoV-RaT13, o un virus similar, con un RBD de pangolin insertado. ¿Existen precedentes de inserciones de este tipo en el laboratorio? Existen. La misma investigadora china que decubrió el Bat-CoV-RaTG13 en 2013, pero que no lo hizo público hasta principios de 2020, tiene publicados experimentos de este tipo. Por ejemplo, en un trabajo de 2008 dice que una mínima inserción en la proteína S entre los aminoácidos 310 y 518 efectuada en laboratorio y que contenga la secuencia adecuda, convierte un coronavirus de murciélago en un mutante capaz de fijarse eficientemente a la ACE2 humana. Por supuesto que en el actual coronavirus se ha podido producir una recombinación natural que haya producido el mismo efecto. Pero ello supondría poner en contacto a un tipo de murciélago concreto y a un tipo de pangolin conceto, alejados entre sí una distancia enorme, para que sus respectivos coronavirus infecten a un tercer reservorio en el que, por una casualidad realmente difícil de lograr, se produzca una proteína S optimizada para infectar humanos.Reconozco que no soy especialista en genética molecular y que, según dicen los expertos, la naturaleza se basta y se sobra para construir todo tipo de criaturas, alguna de las cuales, por puro azar, puede estarnos complicando la vida actualmente. Pero no me resisto a creer que existe la misma posibilidad de un escape de un laboratorio que de que alguien haya creado un virus que después se haya podido fugar de sus instalaciones.

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Paaskinnen 10/09/20 06:54

Ha comentado en el artículo El verano del coronavirus

Muchas gracias por tu amable respuesta que me ha proporcionado datos que desconocía o conocía sólo por encima.Cuando hablo de coincidencias o casualidades no me refiero a cosas del estilo de las que comentas. Creo que fue en 2015 cuando Bill Gates dió una conferencia muy famosa adviertiendo de que el riesgo de la humanidad ya no era una guerra nuclear sino una pandemia vírica. Me parece que hablaba de gripe mientras en la imágen del fondo aparecía una estructura viral con todas la características morfológicas de un coronavirus. Ahora sería fácil unir esa imágen con la del filántropo norteamericano y montar toda una teoría que le implique en el mismísimo orígen de la situación actual. Pero me parecería ingenuo y nada consistente, y la descarto completamente de entrada.No. Me refiero a otros detalles que tienen un peor encaje lógico. Y hay varios, pero empezaré por el primero, referido precisamente al Evento 201.Te ruego que veas el primer video de dicho acto. Justo tras los rótulos de presentación una voz en off empieza a decir algo así como que todo comenzó con unos cerdos aparentemente sanos estabulados en una región que, en el contexto que se deduce posteriormente, podemos ubicar en alguna granja de Brasil.En paralelo a la explicación, y durante apenas un segundo y medio, se ofrece un plano cenital de un grupo de cerdos en cuyo dorso hay unas extrañas marcas. Cambia el plano, aparece un granjero caminando entre los animales y luego se ven más cerdos ya con su piel de aspecto normal.Nada más. Antes de seguir me gustaría conocer tu opinión sobre este disonante detalle: animales supuestamente brasileños que portan en su lomo lo que parecen ser ideogramas chinos.Un saludo.

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