En su momento con el tema de la fusion en Bankia de dos entidades donde tenia depositos en cada una de ellas, consulte directamente al FDG y su respuesta fue :
COPIA
"La garantía es por titular y entidad. Mientras las entidades sean independientes jurídicamente, la garantía es por cada entidad, pero si llegara el día que se fusionaran en un única entidad, la garantía sería solo la correspondiente a la entidad final.
En concreto, mientras no exista una fusión, tendría garantía de hasta 100.000 euros en cada entidad, pero una vez que se produzca, solo habría una única garantía por titular.
FIN DE LA COPIA
Espero te sirva
saludos