¿Cómo gestionan las auditorías internas cuando usan un software de nómina?

Estoy evaluando implementar un software de nómina, pero me surge la duda de cómo manejan las auditorías internas o revisiones periódicas cuando todo está automatizado.
¿El sistema facilita rastrear cambios, justificar cálculos y conservar históricos?
Si han pasado por auditorías con un software así, agradecería que compartieran qué tan transparente y útil resultó.