¿Qué errores comunes han encontrado al usar un software de nómina por primera vez?

Hola a todos. Estoy pensando en implementar un software de nómina para automatizar cálculos y reportes, pero antes quisiera saber qué problemas suelen aparecer al inicio.

¿Les ha pasado que algún concepto quedó mal configurado, que las bases no coincidieron o que el sistema calculó algo distinto a lo esperado? Me gustaría conocer experiencias reales para anticiparme y evitar sorpresas cuando dé el paso.